SEEM Evolution | vendredi 31 janvier | Helder Gomes Rodrigues, 11h30

Helder Gomes Rodrigues Helder Gomes Rodrigues
Du gène à la fonction : deux cas atypiques de morphologie et de remplacement dentaire chez les rongeurs
Vendredi 31 janvier 2014, 11:30 – 12:30
Salle Louis Thaler, ISEM, UM2, Bât. 22, 2ème étage

LABEx CeMEB Séminaire d’Ecologie et Evolution

Helder Gomes Rodrigues (ENS Lyon)
Du gène à la fonction : deux cas atypiques de morphologie et de remplacement dentaire chez les rongeursAu sein des mammifères, les rongeurs forment un groupe particulièrement diversifié en termes d’espèces et d’écologie. Leur succès évolutif depuis 55 Ma est associé à des variations de leur dentition, qui reste un des meilleurs indicateurs des différentes étapes de diversification et des évènements adaptatifs liés à ce groupe. Bien qu’étudiés depuis longtemps, les bases génétiques et les déterminants écologiques de la variation des morphologies et du remplacement dentaires restent encore peu connus. J’ai choisi d’étudier les bases génétiques et fonctionnelles de la morphologie et du remplacement dentaires pour deux formes de dentition inhabituelles chez les rongeurs, permettant ainsi d’évaluer des scénarios adaptatifs pour l’évolution de nouvelles morphologies au sein de ce groupe. La première forme correspond à un patron dentaire spécifique connu chez les Murinae, qui représenterait une adaptation à un régime alimentaire fibreux, et qui peut être retrouvé chez la souris sous certaines conditions de mutation génétique. La deuxième est la description d’un cas rare de renouvellement dentaire continu chez les rat-taupes africains, aussi retrouvé chez les lamantins et wallabies, permettant de supporter un niveau d’usure dentaire important. 

From genes to function: striking cases of dental shape and replacement in rodents

Among mammals, rodents are particularly interesting since they represent the most flourishing group, which are highly diversified from an ecological viewpoint. Their singular and complex dentitions have partly contributed to their evolutionary success since 55 My and they are one of the best indicators of their main diversification and adaptive events. Despite continuing studies, the identification of the genetic bases and key ecological drivers of specific dental morphologies and renewal remains elusive. I chose to focus on the genetic and functional bases of a dental morphology and mode of replacement unusual in rodents, which both can help to evaluate adaptive scenarios in the evolution of new morphologies. The first one corresponds to a specific dental pattern known in Murinae which can be easily obtained in the mouse with only minor genetic modifications, and which likely represents an adaptation to highly fibrous diet. The second is the description of a rare case of continuous dental replacement in an extant African mole-rat, also known in manatees and wallabies, and which permit to withstand high dental wear.

 

(contact : M Debiais)

SEMINAIRE DU LUNDI 27 janvier – Saliha Hammoumi

Saliha Hammoumi nous parlera de son projet de postdoc en cours avec Jean-Christophe Avarre (équipe Diversité Ichtyologique et Aqualculture) , département CONDOM) sur les  virus des poissons. Venez nombreux l’écouter à 11h salle Louis Thaler, bat 22, 2e étage, iSEM.

Titre : Projet Moltraq : Suivi moléculaire des pathogènes viraux en aquaculture : cas du Cyprinid HerpesVirus 3, un pathogène de carpe

Résumé : Dans le cadre du projet de recherche Moltraq (Molecular tracing of viral pathogens in aquaculture), je m’intéresse au Cyprinid herpesvirus-3 (CyHV-3). Ce virus émergent, découvert à la fin des années 90 est très pathogène chez les carpes et s’est répandu dans plusieurs régions du monde, en particulier en Indonésie. Afin d’étudier la diversité génétique de ce virus, dans un premier temps, j’ai utilisé les techniques de séquençage de nouvelle génération associées à une technique d’enrichissement d’ADN pour obtenir les séquences génomiques virales d’échantillons provenant de plusieurs pays, dont l’Indonésie. Je vous présenterai une partie de l’analyse des données de séquences qui sont en cours. Par ailleurs, des études ont mis en évidence un rôle de microARN de certains virus dans la régulation des gènes viraux et de l’hôte, notamment dans la réponse antivirale. Aucune donnée n’étant disponible pour CyHV-3, je cherche donc à identifier des miARN de CyHV-3 et à déterminer leur rôle dans le cycle infectieux du virus.

Séminaire du Lundi | Conf’ISEM – lundi 20 janvier à 11h Sèverine Bréard

Sèverine Bérard  qui a rejoint les chercheurs de l’ISEM depuis quelques mois (mutation) nous présentera ses travaux; elle parlera de: « Algorithmique pour l’évolution des interactions géniques »

Résumé:
Lors de ce séminaire je présenterai mon travail de recherche en algorithmique et bioinformatique, il porte sur la reconstruction de l’histoire des êtres vivants à partir d’arbres phylogénétiques des gènes qui composent leur génome. L’idée nouvelle est de combiner l’information portée par les gènes, donnée par les arbres, aux informations d’interactions entre ces gènes. Dans une première approche, nous avons choisi comme interaction entre gène l’/adjacence/, càd leur proximité sur le génome. Après une brève introduction, je détaillerai le modèle et les événements évolutifs que nous considérons. Puis j’expliquerai le fonctionnement de l’algorithme DeCo qui permet de reconstruire l’histoire des adjacences de gènes. Enfin je présenterai les premiers résultats issus de ces travaux et leurs perspectives.
Ces travaux sont publiés dans l’article suivant :  Sèverine Bérard, Coralie Gallien, Bastien Boussau, Gergely J. Szollosi, Vincent Daubin et Éric Tannier. Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies, Bioinformatics 28 (18): i382-i388. doi: 10.1093/bioinformatics/bts374, 2012

Venez nombreux l’écouter à 11h salle Louis Thaler, bâtiment 22, 2ème étage, UM2.

SEEM EVOLUTION / Vendredi 7 janvier / à 11h30 – 12:30

clara torres barceloClara Torres Barcelo (ISEM) Stress responses in bacteria in the context of antibiotic resistance evolution
(contact : Samuel Alizon)

 LABEx CeMEB
Séminaire d’Ecologie et Evolution
Salle Louis Thaler, ISEM, UM2, Bât. 22, 2ème étage

In the presence of stresses such as antibiotics, bacteria induce the expression of response pathways that help them to survive. These stress responses also increase mutation rate as a result of the activation of alternative, low-fidelity polymerases, and it has been argued that this could contribute to the adaptation to the stress. The central and unresolved problem in our understanding of the evolutionary biology of stress responses is to understand the relative importance of the short and long-term fitness benefits associated with stress response pathways. I will present results of direct measurements of the contribution of a stress response pathway to bacterial short-term fitness and long-term evolvability using the mutagenic SOS response of the pathogenic bacterium Pseudomonas aeruginosa and the antibiotic ciprofloxacin as a model system. I will discuss the implications in the evolution of antibiotic resistance in bacteria.

FRESQUE INEE À PARIS

COMMUNIQUE DE PRESSE NATIONAL | PARIS | 7 JANVIER 2014
Une fresque géante pour découvrir « Le monde en équations » à la station de métro Montparnasse-Bienvenüe à Paris

Evolution des galaxies, du climat ou des épidémies, analyse des risques d’inondations ou de séismes, restauration du patrimoine … sont représentés par les scientifiques grâce aux équations. A partir du 8 janvier et deux mois durant, le CNRS et la RATP vous invitent à découvrir une fresque géante illustrant « Le monde en équations » à la station Montparnasse-Bienvenüe à Paris. A travers d’étonnantes photos grand format exposées le long des 134 mètres du couloir de correspondance, les usagers pourront contempler les possibilités offertes par les modélisations et les simulations.

A partir du 8 janvier 2014 et pendant deux mois, le CNRS et la RATP proposent aux voyageurs de découvrir en images les recherches menées dans les laboratoires à travers la modélisation et la simulation : prévoir des phénomènes complexes ou impossibles à reproduire en laboratoire, reconstituer le passé, comprendre l’Univers… autant de thèmes abordés sur cette fresque inédite. Conçue par le CNRS, elle réunit de superbes images scientifiques obtenues par des chercheurs au cours de leurs travaux.

« Le monde en équations » part du constat que la plupart des lois de la nature peuvent s’exprimer sous formes d’équations. Scientifiques et ingénieurs utilisent des modèles mathématiques pour décrire les phénomènes qu’ils étudient. Grâce aux équations toujours, ils simulent des processus physiques. Le temps d’un voyage, sur les 134 mètres du couloir de correspondance de la station de métro Montparnasse-Bienvenüe à Paris, les usagers pourront visualiser des données abstraites, découvrir des éléments extrêmement petits, de la taille nanométrique (un milliardième de mètre) à la taille moléculaire, explorer la dynamique du corps humain, comprendre comment les scientifiques cherchent à simuler l’avenir ou analyser les risques…

D’une hauteur de 4,8 mètres, cette fresque géante témoigne de la très grande diversité des recherches menées au CNRS, organisme pluridisciplinaire par excellence guidé par le désir de compréhension du monde et de production des connaissances. Le CNRS entend ainsi rendre accessible au grand public le sens et la portée des recherches actuelles.

Pendant le transport, la vie continue. Enrichir les espaces de transport est fondamental : c’est pourquoi la RATP cherche à y introduire plus de services, mais également plus de sens et d’émotions positives pour améliorer le quotidien des 10 millions de personnes qui empruntent chaque jour ses réseaux. Tout au long de l’année, la RATP utilise ses espaces pour promouvoir la culture. Elle souhaite ainsi enrichir le parcours des voyageurs, les surprendre, les étonner et leur donner une possibilité d’accéder à la culture sous toutes ses formes.

Depuis 2007, le CNRS, en partenariat avec la RATP, réalise des expositions en images : « Le monde en équations » fait suite à « Extrêmes sciences », « L’outre-mer : un laboratoire pour la recherche », « Biodiversités », « L’Univers » et « Le CNRS aux pôles ».Le monde en équations Le monde en équations Le monde en équations Le monde en équations Le monde en équations