Les antibiotiques favorisent le jeu de dupe de certaines bactéries

Les antibiotiques favorisent le jeu de dupe de certaines bactéries

par Marie Vasse, Robert J. Noble, Andrei R. Akhmetzhanov, Clara Torres-Barceló, James Gurney, Simon Benateau, Claire Gougat-Barbera, Oliver Kaltz et Michael E. Hochberg, publié dans PNAS le 3 janvier 2017.

DOI : 10.1073/pnas.1612522114

La coopération est une stratégie adoptée par bon nombre d’espèces. Les individus qui génèrent des ressources utilisées par toute la communauté doivent cependant faire face à des tricheurs qui profitent du produit de la coopération sans participer à sa production. Dans une étude publiée récemment dans la revue PNAS, une équipe de l’Institut des Sciences de l’Evolution de Montpellier(ISEM, CNRS / Université de Montpellier) s’est intéressée à l’influence d’un antibiotique sur la dynamique d’une population de bactéries composée de tricheurs et de coopérateurs. Après avoir constaté que la part de tricheurs augmentait plus vite en présence d’antibiotiques, les scientifiques ont pu démontrer, à l’appui d’un modèle théorique, que les coopérateurs étaient en fait plus « sensibles » aux antibiotiques que les tricheurs…http://www.cnrs.fr/inee/communication/breves/b240.html

Séminaire du Lundi 30 janvier | François-Xavier Dechaume-Moncharmont|11h Salle Louis Thaler |

Lundi prochain 30 janvier, Bernard Godelle a invité François-Xavier Dechaume-Moncharmont (Université de Bourgogne Franche-Comté) à nous parler de:

« Avoir le choix ne suffit pas pour choisir : de l’importance des règles de décision en sélection sexuelle ».

Venez nombreux l’écouter à 11h salle Louis Thaler, bat 22, 2e étage, ISEM, UM.

Séminaire du Lundi 22 janvier à 11h30 | dép. GENOME | Benjamin Linard invité par Céline Scornavacca

Ce lundi 22 janvier à 11h30 nous accueillerons Benjamin Linard. Il nous parlera de « Accelerating species identification in metagenomes via high-throughput phylogenetic placements »

Phylogenetic placement allows to map sequence fragments on a reference phylogenetic tree and to identify the species relatives present in a given sample. When compared to alignment-based identification, phylogenetic placement shows the ability to precisely place the reads on particular ancestral branch, indicating that the sample holds a species that is not present in the reference database and diverged at the aforementioned branch.
We developed a process which replaces the classical approach of query alignment + ML-based computations by an approach combining ancestral sequence reconstruction (ASR) and k-mer mapping. This process was implemented in the RAPPAS package. The approach was validated against existing phylogenetic placement methods and showed comparable accuracy while greatly increasing and simplifying the process of species identification.

Venez nombreux salle Louis Thaler à 11h30, bâtiment 22 au 2e étage à l’ISEM
Bon séminaire !