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Jean-Christophe Avarre

Chargé(e) de recherche IRD Equipe Diversité Ichtyologique et Aquaculture
Emailjean-christophe.avarre@ird.fr
Localisation Bâtiment 22, 1er étage
Mots clés poisson adaptation expression génique pathogène polymorphisme

Biologiste moléculaire avec une forte expérience en physiologie moléculaire et diagnostic microbien, j’anime actuellement l’équipe appelée DIVA (DIVersité ichtyologique et Aquaculture). Mes activités de recherche portent sur deux aspects complémentaires de l’aquaculture: les réponses adaptatives des poissons d’élevage aux environnements changeants et la détection et la caractérisation de certains de leurs pathogènes. J’ai travaillé pour une entreprise de biotechnologie où j’ai participé à la conception et à la validation de solutions innovantes pour les applications de génomique et de diagnostic. Attiré par les nouvelles technologies, je consacre une partie de mes activités de recherche au développement de méthodes visant à améliorer la détection, l’identification et la caractérisation des microorganismes.

Voici 5 publications récentes :

  1. Hammoumi S, Vallaeys T, Santika A, Leleux P, Borzym E, Klopp C and Avarre JC (2016). Targeted genomic enrichment and sequencing of CyHV-3 from carp tissues confirms low nucleotide diversity and mixed genotype infections. PeerJ 4: e2516
  2. Nugraha MFI, Pouyaud L, Carman O, Widyastuti U, Zairin M, Kadarusman and Avarre JC (2015). Genetic diversity of Boeseman’s Rainbowfish (Melanotaenia boesemani) reared in Indonesian farms compared to endangered natural populations. Tropical Conservation Science 8: 796-812
  3. Avarre JC, Dugue R, Alonso P, Diombokho A, Joffrois C, Faivre N, Cochet C and Durand JD (2014). Analysis of the black-chinned tilapia Sarotherodon melanotheron heudelotii reproducing under a wide range of salinities: from RNA-seq to candidate genes. Molecular Ecology Resources 14: 139-149
  4. Phung TN, Caruso D, Godreuil S, Keck N, Vallaeys T and Avarre JC (2013). Rapid Detection and Identification of Nontuberculous Mycobacterial Pathogens in Fish by Using High-Resolution Melting Analysis. Applied and Environmental Microbiology 79: 7837-7845
  5. Avarre JC, Santika A, Bentenni A, Zainun Z, Madeira JP, Maskur M, Bigarré L and Caruso D (2012). Spatio‐temporal analysis of Cyprinid herpesvirus 3 genetic diversity at a local scale. Journal of Fish Diseases 35: 767-774

 

Sarotherodon melanotheron