Les séquences génomiques fournissent une quantité massive d’information concernant l’histoire du vivant. Réciproquement, la variation moléculaire naturelle éclaire la structure et la fonction et l’adaptation des gènes et des génomes. Les recherches et enseignements de l’équipe Phylogénie et Evolution Moléculaires ont trois principaux objectifs :

(1) Reconstruire la phylogénie des mammifères (rongeurs, primates, xénarthres) et des tuniciers (urochordés), notamment, sur la base de marqueurs mitochondriaux et nucléaires. L’utilisation d’approches probabilistes permet de clarifier la taxonomie, et d’estimer les dates de divergences entre groupes, et les états de caractères ancestraux, à mettre en relation avec l’évolution des plans d’organisation, des régimes alimentaires, ou d’innovations clés, et la préservation des espèces.

(2) Caractériser les déterminants de l’évolution moléculaire aux niveaux nucléotidiques et amino-acides au travers de la génomique des populations. Notre objectif est de comprendre ls forces évolutives qui façonnent le contenu des génomes et la biodiversité moléculaire chez les plantes et les animaux, en lien avec les traits d’historie de vie des espèces, sur le plan théorique et empirique. Pourquoi certains génomes évoluent vite, d’autre lentement ? Quelle est l’influence de la taille des populations, des systèmes de reproduction ou de la longévité maximale sur les patrons de variation moléculaire ?

(3) Développer les outils bioinformatiques appropriés. Nous proposons des bases de données, bibliothèques de codes, logiciels et serveurs web pour l’analyse de données de séquençage haut-débit, l’alignement de séquences codantes, la reconstruction d’arbres et super-arbres, et l’exploration de collections de phylogénies. Ces outils sont distribués et mis à jour en tant qu’exécutables ou ressources web.