Plateforme ADN dégradé – Labex CeMEB

Contact : plateforme.adndeg@univ-mont2.fr
Situation : Campus Triolet, Université Montpellier II, Bâtiment 22, 1er étage
http://www.univ-montp2.fr/index.php

Contexte scientifique

De nombreux travaux dédiés à l’étude de la biodiversité nécessitent encore un échantillonnage génétique dit destructif (euthanasie animale) ou non destructif (biopsie ou échantillon de sang pris après capture de l’animal). Ceci constitue une sorte de paradoxe entre le sacrifice de quelques spécimens et un des principaux objectifs de ces travaux, c’est-à-dire la protection d’espèces en voie de disparition. Depuis une dizaine d’années, de nouvelles approches sont considérées pour l’imiter notre impact sur les populations naturelles : utilisation d’échantillons dits non-invasifs (source d’ADN laissé dans la nature par l’animal et qui peut être collectée sans capture ni perturbation : poils, excréments, mues, …) et des collections de musée et d’herbier. Ces dernières permettent parfois d’accéder à des populations situées dans des régions actuellement inaccessibles (guerre, montagne, zones protégées, …) ou des populations et espèces actuellement éteintes (wombat, esturgeon, quagga, moa, …). Ces échantillons de musée et d’herbier permettent également de documenter la biodiversité passée.

Objectifs

L’ADN extrait d’échantillons non-invasifs ou de collections apparaît souvent dégradé. Cet ADN peut alors très facilement être contaminé par de l’ADN exogène. Il est donc essentiel de travailler dans les mêmes conditions qu’en paléogénétique (locaux et équipements dédiés aux analyses pré-PCR, reproductibilité des extractions et amplifications, clonage, …).

La plateforme « ADN dégradé » du Labex CeMEB, installée dans les locaux de l’Institut des Sciences de l’Evolution à l’Université Montpellier II, permet donc l’extraction d’ADN dégradé avec la rigueur scientifique indispensable à l’authentification des résultats (laboratoires pré- et post-PCR physiquement séparés ; locaux et équipement strictement dédiés aux expériences pré-PCR). Les projets accueillis sont d’origine variée mais concernent principalement l’étude de la biodiversité à partir d’échantillons non-invasifs ou de collections de musée et d’herbier.

Moyens techniques

L’équipement de base (micropipettes, centrifugeuse de paillasse, agitateur, vortex, portoirs, …) est disponible dans les salles d’extraction et pré-PCR ainsi qu’un équipement plus spécifique :

Salle d’extraction

– Hotte chimique
– Hotte à flux laminaire
– Centrifugeuse (tubes 1,5 ml, 2 ml,   15 ml et 50 ml)
– Combiné réfrigérateur/congélateur
– Balance de précision
– Étuve

 

Salle pré-PCR

– Cabine PCR (avec UV)
– Congélateur

 

 

Documents à télécharger:

Charte utilisation
Règlement intérieur
Demande d’accueil